suite2p:钙成像记录中的细胞检测-源码
Suite2p用于处理双光子钙成像数据的管道。 版权所有(C)2018 Howard Hughes Medical Institute Janelia Research Campus
suite2p包含以下模块:
登记
细胞检测
峰值检测
可视化GUI
该代码由Carsen Stringer和Marius Pachitariu编写。 要获得支持,请打开一个。 参考文件在。 反卷积算法是基于,其设置基于 。
有关GUI演示,请参见此twitter。
您可以找到matlab版本。 请注意,该算法较旧,在非圆形ROI上效果不佳。
有关suite2p的工作原理的演讲,请。
阅读位于的文档
安装
安装Python的发行版-选择Python 3.x和您的操作系统。 请注意,如果未将anaconda添加到路径,则可能需要使用anaconda提示符。
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